非细菌性前列腺炎病因尚不清楚，在非细菌性前列腺炎的前列腺分泌物中有异常数量的炎症细胞但细菌培养或其它方法均不能发现致病菌，认为非细菌性前列腺炎是一种免疫性疾病仅在排除其它特异性前列腺炎后才能确定非细菌性前列腺炎的诊断。某些研究人员曾试图证实某些非常见的病原体（如专性厌氧菌支原体、衣原体或其它原虫病毒等）是非细菌性前列腺炎的病因但未获成功诸多猜测认为支原体与非细菌性前列腺炎有关但无充分的证据经细菌学和血清学试验表明它们之间也无明显的因果关系。
