中医辩证，非淋菌性尿道炎是与房事不洁有关，其病理是直接或间接感受特殊的秽浊之邪酿成湿热，湿热毒邪博结，侵犯下焦，流注膀胱，熏灼尿道，而使膀胱气化失司，水道不利，尿道阻塞有关。或因肝郁气滞，日久而化火，下侵膀胱，使气化不行，水道不利而为淋。或因房劳伤肾或湿热毒邪由腑上逆至脏，伤及肾气，久病伤脾胃，脾肾亏虚，气化失常，不能摄纳脂膏而淋浊。病情日久则久淋体虚，劳伤过度，或药毒所伤，损阴耗气以致脾肾亏虚，膀胱气化无权，湿邪久恋所致。
而西医一般认为非淋菌性尿道炎主要由支原体和衣原体引起，其他的一些病原体可有念珠菌、阴道毛滴虫、单纯疱疹病毒、包皮杆菌、兰氏鞭毛虫，细菌感染也是本病病因之一。
据国外报道，有一部分非淋菌性尿道炎患者可以分离到解鸟类杆菌、流感嗜血杆菌、副流感杆菌、不动杆菌、绿脓杆菌、腐生葡萄球菌等。有些是由于长期使用抗生素，导致菌群失调而发病。由于地域、检测水平、疾病谱发展等方面的因素。病原体的构成比会有较大差别。本病约有25%--55%由衣原体引起，20%--40%由支原体引起。
