附睾炎细菌、衣原体、支原体或淋球菌感染可引起急性或慢性附睾炎，是男子生殖系统非特异性感染中的常见疾病，多见于中青年，常与睾丸炎同时存在，称为附睾－睾丸炎。附睾的炎症不但影响附睾的功能，而且双侧附睾炎致变痕组织形成时，可阻塞附睾管而引起不育。主要感染途径有精路逆行感染、淋巴蔓延和血行感染。
附睾纤毛细胞异常在某些男子不育患者的精液中，可见一种特殊结构叫纤毛小体或称脱落的纤毛束，也可称为退化纤毛细胞。一般认为是由附睾纤毛细胞管腔部分收缩、脱落而形成的。失落在管腔中的纤毛小体，通常不含核，是柱状纤毛细胞的游离部分。脱落在管腔后可在射精时排出。但在某些疾病时则可增多，因而具有病理意义,这种现象在呼吸道及在女性生殖道也常可见到，因这些部位也存在柱状纤毛上皮。
附睾损伤常与睾丸损伤伴发，更多见于医源性损伤，如阴囊内容物手术时，切断、结扎、钳夹或者过度牵拉等，可见有广泛的皮肤察斑，阴囊内血肿形成。据研究，输精管结扎后，可引起附睾管的扩张和精液淤积。由于精子在附睾部位的破坏分解、吞噬吸收是引起输精管结扎后血液内出现抗精子抗体或使抗精子抗体滴度增高的主要原因，而附睾部位的这些结构和功能的变化也正是部分输精管吻合接通后仍难于恢复生育功能的原因之一。
